O programa de pós-graduação com Mestrado e Doutorado, iniciado em 1996, já formou mais de 170 alunos. Sua estrutura curricular flexível permite aos estudantes cursar disciplinas relevantes para sua formação. Tem infraestrutura para pesquisa de excelência, com laboratórios bem equipados para a realização de pesquisas nas várias áreas da imunologia contempladas pelo programa. O corpo docente do programa, composto majoritariamente por docentes permanentes, é estável e experiente na formação pós-graduada.